Komercyjny sukces gier Czarnobyl: Terrorist Attack i Czarnobyl 2: Powrót do zony zachęcił firmę Play Way do przygotowania kolejnej odsłony serii, która wielką popularnością cieszy się zwłaszcza wśród rosyjskich graczy.

Akcja gry Czarnobyl 3: Underground toczy się w bliskiej przyszłości. Poważny kryzys w strefie euro nie pozwolił ukończyć budowy nowego sarkofagu wokół zniszczonego reaktora elektrowni jądrowej w Czarnobylu. Tymczasem niegdyś niedostępny dla ludności cywilnej teren zony stał się kryjówką dla przestępców, dezerterów i wszelkiej maści bandytów. Sytuację tę wykorzystują międzynarodowe koncerny zbrojeniowe, które w strefie testują nowoczesne technologie bojowe.

Gracz wciela się w rolę najemnika na usługach jednej z korporacji. Oficjalnie jego zadaniem jest zbadanie poziomu radiacji w zabudowaniach reaktora nr 5. W rzeczywistości bohater musi przetestować przydatność nowego systemu hełmu bojowego.

Rozgrywka bazuje na dynamicznych sekwencjach strzeleckich obserwowanych z perspektywy pierwszej osoby (FPP). Bohater kontrolowany przez gracza może posługiwać się sporym arsenałem futurystycznych broni i elementów wyposażenia wojskowego, na czele ze wspomnianym hełmem bojowym, który wyświetla w trakcie walki szereg użytecznych informacji.

W odróżnieniu od wcześniejszych odsłon cyklu, lokacje w grze Czarnobyl 3: Underground to najczęściej zamknięte pomieszczenia (hale produkcyjne, podziemne korytarze itp.). Wymogło to na twórcach gry wprowadzenie szeregu zmian w autorskim silniku Argon.