Gracz opowiada się po jednej z rywalizujących ze sobą stron konfliktu - frakcji terrorystycznej Bractwa Nod, dążącej do zapanowania nad światem lub GDI, organizacji obronnej powołanej przez ONZ i NATO, której celem jest obrona cywilizacji przed ekspansją barbarzyńców. W zależności, po której stronie się opowiemy otrzymujemy do dyspozycji różne oddziały, uzbrojenie i ekwipunek wojskowy. Bierzemy też udział w specjalnie przygotowanych, indywidualnych kampaniach, w skład których wchodzą oddzielne misje zbrojne. Źródłem konfliktu są złoża tajemniczego pierwiastka o nazwie Tyberium. Związek ten sieje spustoszenie na całym świecie rujnując wszelkie zasoby i bogactwa naturalne Ziemii. Zadaniem gracza jest doprowadzenie swojego sojuszu do końcowego zwycięstwa.