Gracz po raz kolejny ma okazję wcielić się w postać jednego z żołnierzy Francuskiej Legii Cudzoziemskiej, uczestnicząc w niebezpiecznych misjach rozgrywanych na okupowanych przez wroga terenach. W przeciwieństwie do pierwszej części, gdzie starcia toczyły się na terytorium Wybrzeża Kości Słoniowej, tym razem miejscem akcji jest zlokalizowana w Ameryce Południowej Gujana Francuska. Drużyna, w skład której wchodzi sterowana postać, zostaje wysłana w ten region z zadaniem powstrzymania Hernanda Mendozy oraz zatrudnionych przez niego najemników. Szaleńcowi udało się przejąć kontrolę nad eksperymentalnym reaktorem jądrowym, znajdującym się na terenie ośrodka badawczego Île Royale. Żołnierze Legii muszą zaprowadzić porządek w regionie zanim sytuacja wymknie się spod kontroli, unikając jednocześnie niepotrzebnego rozgłosu.

Właściwa gra składa się z dziewięciu misji, podzielonych na szereg zadań, które rozwiązuje się w ustalonej przez producentów kolejności. W miarę rozwoju zabawy otrzymuje się nowe wytyczne, choć większość z nich ogranicza się do eliminowania wrogich sił znajdujących w okolicy. Stosunkowo duży nacisk położono na zawarcie realistycznego wyposażenia oraz uzbrojenia członków drużyny. Używają oni istniejące w rzeczywistości modele karabinów, pistoletów czy wyrzutni rakiet – łącznie różnych rodzajów broni jest około dziesięciu.

Code of Honor 2: Conspiracy Island wykorzystuje udoskonaloną wersję silnika graficznego o nazwie Jupiter EX Engine. Usprawnienia objęły przede wszystkim dodanie dynamicznego oświetlenia oraz interaktywnego otoczenia, dzięki czemu wiele napotykanych obiektów można uszkodzić lub zniszczyć. Kolejne etapy rozgrywane są m.in. w fabrykach, laboratoriach, rozległych kompleksach jaskiń czy XIX-sto wiecznym więzieniu.