Autorzy postanowili nie opierać scenariusza bezpośrednio na filmowej adaptacji komiksowej serii. Co prawda całość osadzona jest w tym samym świecie, ale jednocześnie na potrzeby gry opracowano całkowicie nową fabułę. Akcja ma miejsce jest czasie II wojny światowej i opowiada historię z okresu, gdy Steve Rogers (pierwsze wcielenie tej postaci) dopiero zaczynał swoją karierę. Naszym zadaniem jest przeniknięcie do ponurego zamku Hydra w celu odkrycia jego tajemnic. Głównym czarnym charakterem jest naturalnie Czerwona Czaszka, aczkolwiek w grze przewijają się też inne postacie złoczyńców znanych z uniwersum Kapitana Ameryki. Za scenariusz odpowiada Christos Gage, czyli autor wysoko ocenianej serii komiksowej Avengers: The Initiative oraz równie ciepło przyjętego przez fanów cyklu Avengers Academy.

Trzon Captain America: Super Soldier stanowi walka oraz elementy platformówkowe. System potyczek powinien wydać się bardzo znajomy graczom, którzy mieli kontakt z grą Batman: Arkham Asylum. Całość opiera się mianowicie na wypracowaniu sobie odpowiedniego rytmu podczas atakowania kolejnych przeciwników. Gra pozwala na dobijanie powalonych wcześniej oponentów, stosowanie różnorakich ataków specjalnych (np. przeprowadzenie potężnej szarży), korzystanie z chwytów i kontrataków, czy też używanie tarczy Kapitana Ameryki, pomocnej w odbijaniu pocisków i eliminowaniu bardziej odległych celów. Na drodze superbohatera stają przede wszystkim różnoracy żołnierze, choć nie brakuje też emocjonując potyczek z bossami. Do tej drugiej kategorii możemy zaliczyć między innymi pojedynki z Madame Hydrą czy Iron Crossem. Kapitan Ameryka dysponuje imponującymi zdolnościami akrobatycznymi. Sekcje platformowe nie są przesadnie skomplikowane, aczkolwiek gra także i w tym przypadku premiuje rytmiczne wciskanie przycisków, tak by kolejne polecenia pokrywały się z akrobacjami ukazywanymi na ekranie.

Tytułowy bohater w trakcie gry wybiera się nie tylko do wspomnianego zamku Hydra, ale bada też między innymi niewielką wioskę położoną w Bawarii. Gra zachęca do bardzo starannej eksploracji kolejnych plansz, a to dlatego, że możliwe jest odnajdywanie cennych sekretów. Większość z nich pomaga w zdobywaniu punktów doświadczenia, ale są też takie znajdźki, które wiążą się z szansą obejrzenia materiału wideo czy obnażają słabe punkty wybranych jednostek wroga.