W grze spotykamy ekipę bohaterów znaną z pierwszej części, lecz tym razem Mordecai, Lilith, Brick oraz Roland występują tylko jako postacie niezależne. Producent nie poszedł na łatwiznę i przygotował czwórkę nowych bohaterów do wyboru. Są to Salvador, Maya, Zero i Axton. Wprowadzenie nowych protagonistów wiąże się z zupełnie nowymi klasami postaci, jakie deweloperzy przygotowali dla graczy. Gunzerker posiada możliwość używania dwóch dowolnych rodzajów broni na raz i pełni funkcję tanka, Commando korzysta z pomocy działka automatycznego, które rozwijane jest poprzez odpowiedni zestaw umiejętności bohatera, a Assassin kładzie nacisk na element zaskoczenia, zastawiając na przeciwników pułapki i skradając się do nich. W Borderlands 2 pojawia się również klasa Siren, która występowała w poprzedniej części, ale teraz otrzymała zupełnie nowe umiejętności.

W drugiej części serii wracamy na planetę Pandora, aby sprawdzić niezbadane obszary, które skrywają wiele tajemnic uniwersum Borderlands. Fabuła opowiada o wydarzeniach mających miejsce niedługo po zakończeniu historii z „jedynki”. Głównym przeciwnikiem graczy jest tym razem Handsome Jack, który po przypisaniu sobie zasług bohaterów poprzedniej części, wykupił największego producenta broni w świecie gry, firmę Hyperion, i ogłosił się dyktatorem Pandory. Naszym celem jest jego eliminacja.