W Bionicle gracz zostaje w wciągnięty w niezwykły świat Mata Nui – tropikalnej wyspy będącej istnym rajem. Niestety nadeszły złe czasy dla Matoranczyków (jej mieszkańców) – złowrogi Makuta rzucił zaklęcie na wyspę i ta pogrąża się w cieniu. Zostało wybranych sześciu wojowników, którzy przeciwstawia się zagrożeniu i zostaną wysłani z misja pokonania wroga oraz przywrócenia dawnej świetności Mata Nui. Każdy z tych sześciu wojowników został ochrzczony jako „Tua”. To właśnie w jednego z tych wojowników wcieli się gracz. Przygoda składa się z sześciu głównych światów; wśród nich zwiedzimy wysokie góry, wielkie jeziora (w nich także popływamy) i potężne wulkany. Na gracza czeka wiele niebezpieczeństw, począwszy od sługusów złego Makuta, przez zagrożenia naturalne, jak wybuchy lawy, potężne wiatry, czy spadające skały. Najwięcej czasu spędzimy właśnie eksplorując tereny oraz walcząc. Nasz Tua posiada wielkie umiejętności – do pokonywania wrogów używa sił pochodzących z żywiołów Ziemi. Okazjonalnie przyjdzie nam się także przekonać, ze ewoluując do postaci super Tua, zwanej „Tua Nova”, staniemy się jeszcze bardziej potężni. Podczas przygód znajdziemy tez poziomy bardzo dynamiczne, jak np. surfowanie po lawie na zboczu wulkanu, czy snowboarding na ośnieżonym stoku! Na końcu każdego poziomu będzie czekał na nas boss, a pod koniec gry zmierzymy się oczywiście z samym Makuta. Bionicle to jednak nie tylko elementy zręcznościowe – gracz odnajdzie tez liczne zagadki i choć niezbyt trudne to jednak wymagające kojarzenia faktów.