Gra bazuje na rozwiązaniach użytych w Divine Divinity, oczywiście twórcy dopracowali poszczególne aspekty silnika gry (wsparcie pakietu DirectX 9, trójwymiarowe postacie, nowe efekty towarzyszące rzucaniu czarów, wyższe rozdzielczości, lepszy zoom), wprowadzili też szereg istotnych zmian i ulepszeń tego co widzieliśmy poprzednio. Nowością są specjalne obszary tzw. „pola walki” (Battlefield), generowane losowo przez komputer. Są one niezależne od głównej fabuły i związanych z nią zadań. Można się do nich dostać przez specjalne portale i podnieść poziom rozwinięcia postaci wykonując szereg losowych questów (co de facto jest ich głównym przeznaczeniem).

Zmienił się sam system rozwoju bohatera i w odróżnieniu od Divine Divinity, gdzie początkowy wybór klasy postaci definitywnie określał jej możliwości, tutaj nie ma już sztywnych klas i rozwój jest bardziej otwarty, tzn. umiejętności, które rozwijamy podczas rozgrywki rzutują na charakter bohatera. Zmieniły się też skille, zaklęcia czy style walki, których możemy się nauczyć. Wprowadzono tzw. „lalki przywoływania” (summoning dolls), dzięki którym na pewien czas możemy przywołać dodatkowych członków drużyny. W trakcie gry lalki można ulepszać, co wpływa na wzrost potęgi przywołanych NPC-tów.

Ponad wyżej wymienione nowości udoskonalono także system kontroli drużyny (mamy dwie podstawowe postacie, tj. bohatera i rycerza śmierci, a ponadto przywołujemy NPC-tów), zwiększono wpływ reputacji na postrzeganie nas w świecie gry, dodano też nowe przedmioty, zmodyfikowano losowy system generacji przedmiotów użyty w Divine Divinity (co wpłynęło na lepsze zbalansowanie rozgrywki) i system walki. Pojawiły się też mówione dialogi.

Beyond Divinity posiada też pewną unikatową cechę. Mianowicie specjalne battlefieldy, czyli lokacje przeznaczone tylko i wyłącznie do nieskrępowanej walki z napotkanymi przeciwnikami. Do każdego z czterech etapów gry przyporządkowano jeden battlefield (na każdy składa się szereg losowo generowanych labiryntów), a ponadto po zakończeniu gry, czeka piąty, dodatkowy. Po zdobyciu specjalnego klucza, gracz może w każdym momencie przygody przenieść się do tego typu lokacji i walcząc odpocząć od rozwiązywania kolejnych questów i zagadek.