Przedstawione w grze wydarzenia pokrywają się z fabułą serialu animowanego. Poznajemy więc losy dziesięcioletniego Bena Tennysona, a także jego przyjaciół, ze szczególnym uwzględnieniem dziadka głównego bohatera (Maxa) oraz kuzynki młodzieńca (Gwen). Generalnie w grze pojawia się większość postaci, które powinny być dobrze znane sympatykom kreskówki. Podobnie jak w serialu animowanym, Ben czerpie swoją moc z urządzenia o nazwie Ominitrix. Pozwala ono bowiem głównemu bohaterowi przeobrażać się w istoty z innych planet. Fabuła Ben 10 opiera się naturalnie na konieczności pokonania wrogo nastawionego Vilgaxa. Planuje on bowiem odebrać Benowi urządzenie Ominitrix, dzięki czemu będzie mógł zawładnąć nad wszechświatem.