Celem gry jest dotarcie do odwiecznego wroga Bena 10 - Vilgaxa i teleportowanie go do czarnej dziury Galaktyki. Każdy z graczy jest postacią Bena. Aby dotrzeć do Vilgaxa, musi najpierw zdobyć DNA sześciu Kosmitów i stoczyć walkę ze Złoczyńcami. Dzięki zwycięskim walkom gracze otrzymują punkty mocy, dzięki którym Ben 10 będzie mógł rozprawić się z Vilgaxem raz na zawsze. Po drodze do celu graczy czekają niesamowite zdarzenia i przygody, które ułatwią lub utrudnią całą misję.