Historia opowiada o kolejnych przygodach tytułowego Bena Tennysona, który musi stawić czoła nowemu, potężnemu wrogowi – Incurseans. By go powstrzymać, bohater będzie musiał zinfiltrować jego wielki statek kosmiczny, a na koniec wydostać się z wrogiej bazy i powrócić do domu. W tym ciężkim zadaniu Bena wspomaga specjalne urządzenie Omnitrix, wykorzystywane w walce, a także Azmuth, twórca tego gadżetu. Razem muszą zmierzyć się z wieloma niebezpieczeństwami, czyhającymi na nich w przestrzeni kosmicznej.

Rozgrywka opiera się głównie na przemierzaniu kolejnych lokacji i walce z napotkanymi przeciwnikami. W tym celu często wykorzystuje się zmiany postaci. Ben może przeistoczyć się w szybką istotę, bardzo silną, itd. Konieczne jest również pokonywanie niebezpiecznych fragmentów poziomów, przy których należy wykazać się zręcznością. Niektóre sekwencje (pościgi, ucieczki) wymagają natomiast od grającej osoby szybkiego reagowania na zaistniałą sytuację. W czasie potyczek można atakować ciosami słabymi i silnymi, a także łączyć je w różne kombinacje.

Twórcy umożliwili rozgrywkę w singlu i kooperacji dla dwóch graczy na jednej konsoli. Dodatkowo udostępniono również multiplayer przez Internet.