Oczywiście jednak całe uniwersum, w którym się poruszamy nadal wiernie odzwierciedla telewizyjny świat. Główny bohater, Ben, może teraz w zależności od zaistniałych potrzeb przybierać jeszcze więcej osobowości, m.in. Echo Echo, Goop, Brainstorm, ChromaStone, Big Chill, Humungousaur, Spidermonkey, Swampfire, Jet Ray, czy Cannonbolt. W sumie otrzymaliśmy 11 grywalnych postaci, których zadaniem jest ostateczna konfrontacja ze złym Vilgaxem, planującym podbić wszechświat.

W celu pokonania wroga, Ben wraz z Omnitrixem musi odbyć intergalaktyczną podróż pomiędzy różnymi planetami, po drodze walcząc z wrogimi statkami kosmicznymi oraz przedzierając się przez pola asteroid. W czasie wędrówki dochodzi też do walk z całym garniturem nieprzyjaciół, w których dość przydatne okazują się specjalne umiejętności wcieleń Bena – manipulacja ogniem, ujarzmianie elektryczności czy zamrażanie wroga. Rozgrywka w Vilgax Attacks oferuje elementy akcji, rozwiązywanie zagadek oraz sporo wstawek zręcznościowych.