Fabuła w pewnym stopniu nawiązuje do wydarzeń przedstawianych w kolejnych odcinkach serialu animowanego. Opisywana gra opowiada historię młodego chłopaka o imieniu Ben. Akcja Alien Force The Game rozpoczyna się pięć lat po tym, jak tytułowy bohater zdecydował się odłożyć futurystyczne urządzenie o nazwie Ominitrix, które umożliwiało mu przeobrażanie się w istoty z innych planet. Ben teraz musi ponownie wyruszyć na niebezpieczną misję, ratując porwanego przez kosmitów dziadka, a także uchraniając innych mieszkańców naszej planety przed całkowitą zagładą.