Akcja gry osadzona została w przyszłości na planecie Allium (podobnej do naszej Ziemi), położonej w systemie Porrum. Mieszkańcy tej planety przez setki lat negatywnie wpływali na jej klimat, aż w końcu, w wyniku globalnego ocieplenia poziom mórz i oceanów drastycznie się podniósł zalewając lwią część lądu. W wyniku tej katastry ekologicznej najcenniejszą rzeczą na Allium stała się ziemia, a spory i napięcia związane z dostępem do nie zatopionych terenów spowodowały wybuch wojny pomiędzy dwoma nacjami zamieszkującymi planetę, tj. Forseti oraz Muspell.

Gracz wciela się w Hawka Wintera – kierowcę transportowca za dnia, nocą stającego się jednym z najlepszych uczestników nielegalnych wyścigów. Bohater nieoczekiwanie aresztowany i skazany dostaje szansę naprawienia swoich występków jako pilot prototypowej maszyny bojowej zwanej Aquilą. W efekcie gracz, jako żołnierz Forseti, wkracza w sam środek konfliktu zbrojnego, którego stawką jest cała planeta, a raczej to co z niej zostało.

Battle Engine Aquila to nic innego jak czysta, dynamiczna akcja, dlatego też fani tego typu produktów znajdą tu istny raj dla siebie, tj. supernowoczesną i niszczycielską maszynę, uzbrojoną w cały arsenał broni, w tym: wyrzutnie rakiet i działa pulsacyjne, która zmierzy się w walce z setkami różnego rodzaju jednostek przeciwnika, m.in. z piechotą, czołgami, samolotami, artylerią, okrętami wojennymi, itd. Twórcy zaznaczają, że kluczowym elementem Battle Engine Aquila jest pole bitwy, fabuła zaś została odsunięta na dalszy plan i stanowi jedynie tło wyjaśniające powagę wojny i jej wpływu na głównego bohatera. Całość zmagań prezentowana jest w bardzo efektownej trójwymiarowej grafice.