Akcja gry rozpoczyna się kilka miesięcy po wydarzeniach znanych z poprzedniej części. Były naczelnik więzienia Arkham, Quincy Sharp, zostaje burmistrzem Gotham City. Wykupuje dzielnicę biedy, eksmituje z niej dotychczasowych mieszkańców, buduje ogrodzenie, a następnie przenosi tam psychopatów z Arkham. Przestępcy szybko organizują się w grupy, z których każdej przywódcą zostaje jeden czarny charakter znany z komiksów o Batmanie (m.in. Joker, Riddler i Harley Quinn). Całą dzielnicą zarządza tajemniczy Hugo Strange. Pod jego rządami jedyną zasadą, która obowiązuje więźniów jest zakaz ucieczek. Sytuacja wymyka się jednak spod kontroli, a jedyną osobą, która może powstrzymać zbirów przed ucieczką jest Batman.