Akcja powieści toczy się w XIV wieku w krzyżackim zamku w Marienburgu (Malbork). Jej główną postacią jest rycerz Konrad Wallenrod, wybrany przez komturów na mistrza, zakochany w litewskiej pustelniczce Aldonie. Na zamku od roku trwają przygotowywana Niemców do wojny z Litwą, co nie jest miłe sercu Konrada, często rozmawiającego z pustelniczką. Dodatkowych rozterek dostarcza mu starzec, litewski wajdelota śpiewając, podczas jednej z uczt, pieśń o Walterze Alfa, Litwinie wychowanym przez Krzyżaków. Kiedy papież i rycerstwo nakłania Konrada do ruszenia na Litwę, mistrz zwleka z oblężeniem Wilna tak długo i skutecznie, że litewski książę Witold pokonuje najeźdźców. Po powrocie do Malborka obraduje trybunał, którego sędziowie, poznawszy prawdę o Konradzie, skazują go na śmierć. Kiedy pustelniczka odrzuca propozycję Konrada wspólnego powrotu na Litwę, mistrz, a w rzeczywistości Walter Alfa, oddaje się w ręce strażnikom i w celi zażywa truciznę.