Twórcy gry zdecydowali się także rozbudować takie elementy rozgrywki jak chociażby funkcja „eagle eye”, którą przemianowano na „eagle sense”. Pozwala ona głównemu bohaterowi przewidzieć kierunek, w jakim porusza się wskazany przeciwnik lub postać niezależna. Zmianie uległ również system poszerzania strefy wpływów w mieście. Znane z poprzedniej części Wieże Borgiów zastąpione zostały przez Kryjówki Templariuszy. Sposób ich zdobywania wygląda niemal identycznie, lecz tym razem niezbędna jest także obrona raz przejętych posiadłości. W celu odparcia ataku należy zaliczyć rozbudowaną mini-grę, przypominającą pod względem mechaniki tytuły z gatunku tower defense. Bezpieczeństwo tego rodzaju kryjówek zależy jednak od rozgłosu, im baczniejszą uwagę wzbudzają poczynania zabójców, tym większe prawdopodobieństwo ataku Templariuszy.