Świat gry podzielony został na ponad 50 unikatowych lokacji. Najważniejsze z nich to trzy duże miasta - Kingston, Hawana i Nassau, z których każde reprezentuje odmienny styl architektoniczny. Nie brakuje również małych osad rybackich, plantacji cukru, ukrytych zatoczek czy starożytnych ruin. Żeglugę po morzach ułatwia bohaterowi własny statek – Kawka, który poddawać można rozlicznym modyfikacjom (np. taran, wzmocniony kadłub, większa liczba armat).

Doskonale znane fanom cyklu Assassin's Creed standardowe elementy rozgrywki (np. akrobatyczne pokonywanie przeszkód i widowiskowe pojedynki z przeciwnikami) wzbogacone zostały o kilka innowacji. Jedną z nich jest możliwość nurkowania i eksploracji zatopionych statków. Zmiany objęły również system bitew morskich, w których znacznie poprawiono AI przeciwników. Mechanika walki bazuje na rozwiązaniach zastosowanych uprzednio w AC III. Poza standardowym ukrytym ostrzem asasynów w trakcie starć bohater może zrobić użytek z dwóch broni białych – szabel, pałaszy i podobnych – oraz do czterech pistoletów.

Tradycyjnie już kampanię główną uzupełnia rozbudowany tryb multiplayer ze sporą ilością zróżnicowanych map i postaci, w jakie można się wcielić. Największą nowość stanowi narzędzie Game Lab, które pozwala graczom modyfikować ponad 200 różnych parametrów gry i w ten sposób tworzyć własne wersje trybów wieloosobowych. Poza tym znacznie rozbudowano znany z poprzedniej części kooperacyjny tryb Wolfpack, który teraz stanowi osobny moduł multiplayera o nazwie The Wolfpack Experience, wzbogacony o własną fabułę i dodatkowe urozmaicenia.

Od strony technicznej, Assassin's Creed IV: Black Flag wykorzystuje możliwości silnika AnvilNext, którym deweloperzy z Ubisoftu posłużyli się również w Assassin's Creed III i Assassin's Creed III: Liberation. Oferuje on wysokiej jakości oprawę wizualną z mnóstwem detali oraz naturalnie wyglądającymi animacjami ruchu postaci i obiektów.