Fabuła przenosi nas w okres trzeciej wyprawy krzyżowej, dowodzonej przez angielskiego króla Ryszarda Lwie Serce. Wydarzenia dzieją się na Ziemi Świętej, między innymi w Jerozolimie. Wcielamy się w postać Altaira – członka tajemniczego klanu zabójców, zupełnie nie przejmującego się problemami natury politycznej i teologicznej oraz nie stającemu po żadnej ze stron konfliktu. Dlatego też w trakcie zabawy przyjmujemy zlecenia zarówno chrześcijan jak i mahometan, którzy za pomocą skrytobójstwa próbują załatwiać swoje interesy.

Sama rozgrywka przypomina serię Hitman w wersji średniowiecznej. Kolejne misje mają ten sam schemat: przyjmujemy zlecenie, nie zwracając na siebie uwagi zbliżamy się do celu, wykonujemy zadanie i oddalamy się z miejsca zbrodni (oczywiście im szybciej, tym lepiej). Brzmi mało skomplikowanie, ale w praktyce prezentuje się znakomicie. Nasz bohater wiele czasu spędza na przemykaniu się z jednego ukrycia do drugiego, wspinaczce, wykonywaniu karkołomnych akrobacji, a także walce. Ciekawie rozwiązano problem sterowania Altairem: niektóre czynności (np. wspinanie, skakanie, wtapianie się w tłum i krycie się w cieniu) wykonujemy używając tylko jednego przycisku. Wystarczy go uaktywnić i nasz bohater sam dba o siebie (np. wdrapuje się na dach budynku, pokonując po drodze kilka przeszkód, albo niepostrzeżenie dołącza do grupy przechodzących mnichów). Z kolei walka wymaga od nas większej zręczności palców: pojedynki są dynamiczne, dysponujemy dość dużą ilością ciosów. Szczególnie godne polecenia są znakomite uniki, które stosujemy wyczekując na dogodny moment do ataku. Bardzo często mamy możliwość wyboru: przejść daną lokację cichaczem lub wyrąbać sobie drogę mieczem. Ten drugi sposób jest bardziej widowiskowy, ale zarazem czasochłonny i niebezpieczny.

Bardzo ważnym elementem rozgrywki jest umiejętne postępowanie z postaciami bohaterów niezależnych. Zadanie wypełniamy w miastach pełnych ludzi, a to jak ich traktujemy ma niebagatelny wpływ na powodzenie misji. I tak na przykład skacząc z dachu w sam środek tłumu, możemy liczyć na podejrzaną reakcję przechodniów. Część z nich ucieka, inni wskazują nas palcami, co prędzej czy później powoduje zainteresowanie strażników. Przedzierając się przez zatłoczone zaułki możemy powoli się przesuwać, przeciskając między ludźmi lub też przyjąć postawę zabijaki i osiłka, rozpychając się i przewracając stających nam na drodze. Czasami wzbudzimy respekt i ludzie sami schodzą z drogi, ale możemy także narazić się na wrogą reakcję i spowodować atak. A przecież jesteśmy zabójcą i zwracanie na siebie uwagi nie powinno leżeć w naszej naturze.