Wiodącą postacią kampanii głównej w Assassin's Creed IV: Black Flag jest Edward Kenway (dziadek Connora Kenway'a z Assassin's Creed III), pochodzący z Walii XVIII-wieczny pirat, który podając się za członka tytułowego zakonu dowiaduje się o istnieniu legendarnego Obserwatorium, pozwalającego przyglądać się poczynaniom każdej osoby na ziemi. Pałający chęcią zysku korsarz postanawia zagarnąć sekrety Obserwatorium dla siebie, wplątując się w odwieczny konflikt między zakonami Templariuszy i Asasynów. Miejscem akcji są natomiast Karaiby rok po zakończeniu hiszpańskiej wojny sukcesyjnej (1[zasłonięte]701-17), a więc w tzw. złotej erze piractwa. Podobnie jak we wcześniejszych grach z cyklu twórcom udało się wpleść w fabułę wiele autentycznych wydarzeń i postaci. Gracze mogą więc spotkać na swojej drodze m.in. Edwarda Teacha (Czarnobrody), Benjamina Hornigolda, Calico Jacka Rackhama, Annę Bonny oraz Charlesa Vane'a

Świat gry podzielony został na ponad 50 unikatowych lokacji. Najważniejsze z nich to trzy duże miasta - Kingston, Hawana i Nassau, z których każde reprezentuje odmienny styl architektoniczny. Nie brakuje również małych osad rybackich, plantacji cukru, ukrytych zatoczek czy starożytnych ruin. Żeglugę po morzach ułatwia bohaterowi własny statek – Kawka, który poddawać można rozlicznym modyfikacjom (np. taran, wzmocniony kadłub, większa liczba armat).

Doskonale znane fanom cyklu Assassin's Creed standardowe elementy rozgrywki (np. akrobatyczne pokonywanie przeszkód i widowiskowe pojedynki z przeciwnikami) wzbogacone zostały o kilka innowacji. Jedną z nich jest możliwość nurkowania i eksploracji zatopionych statków. Zmiany objęły również system bitew morskich, w których znacznie poprawiono AI przeciwników. Mechanika walki bazuje na rozwiązaniach zastosowanych uprzednio w AC III. Poza standardowym ukrytym ostrzem asasynów w trakcie starć bohater może zrobić użytek z dwóch broni białych – szabel, pałaszy i podobnych – oraz do czterech pistoletów.

Tradycyjnie już kampanię główną uzupełnia rozbudowany tryb multiplayer ze sporą ilością zróżnicowanych map i postaci, w jakie można się wcielić. Największą nowość stanowi narzędzie Game Lab, które pozwala graczom modyfikować ponad 200 różnych parametrów gry i w ten sposób tworzyć własne wersje trybów wieloosobowych. Poza tym znacznie rozbudowano znany z poprzedniej części kooperacyjny tryb Wolfpack, który teraz stanowi osobny moduł multiplayera o nazwie The Wolfpack Experience, wzbogacony o własną fabułę i dodatkowe urozmaicenia.