Atlantis II stanowi kontynuację bardzo dobrej gry przygodowej z 1997 roku - Atlantis: The Lost Tales. Akcja zaczyna się w roku 1043, gdy w gwiazdozbiorze Kraba pojawia się tajemnicza supernowa gwiazda, która swym blaskiem rozświetla niebo nawet w ciągu dnia. Spowodowała ona pobudzenie się jasnej strony mocy, którą nasz pradziad Seth wchłonął do siebie by pokonać jej ciemną stronę.

Wcielamy się w potomka znanego z części pierwszej Seth`a, który nosi w sobie klucz do wyjaśnienia tej świetlistej zagadki. Będziemy musieli wyruszyć w podróż po świecie, w którym nieustannie plemiona barbarzyńskie ścierają się z doskonale zorganizowanymi społecznościami świata starożytnego. Odwiedzimy tajemniczy Tybet, celtycką Irlandię, porośnięty dżunglą Jukatan oraz cesarskie Chiny. W tej wielkiej podróży będziemy stopniowo odkrywać tajemnicę mocy, aż w końcu przywrócimy porządek i harmonię na świecie.