Akcja gry rozgrywa się w 2018 roku i nie roztacza przed graczem zbyt optymistycznej wizji przyszłości. W największych miastach świata powstają tytułowe anomalie, a na ich terenie gromadzą się wielkie maszyny bojowe i eksterminują ludność cywilną. Gracz wciela się w postać dowódcy grupy uderzeniowej, wysłanej do Bagdadu celem dokładniejszego zbadania tamtejszej anomalii. Kolejne misje odkrywają przed graczem nowe szczegóły dotyczące pochodzenia tych zjawisk i intencji przebywających na ich obszarze maszyn.

Właściwa rozgrywka skupia się na kontrolowaniu własnego oddziału, którego skład ustala się wedle swoich upodobań. Do dyspozycji gracza oddano 6 wojskowych maszyn, których właściwości trzeba umiejętnie wykorzystać na polu walki. Podległym jednostkom należy umiejętnie wyznaczyć trasę przejazdu przez niegościnny teren, utrzymać podwładnych przy życiu i jednocześnie zagwarantować wykonanie powierzonych misji. Gracz steruje jedynie postacią dowódcy, który bezpośrednio uczestniczy w starciach, wykorzystując swoje specjalne zdolności do przechylania szali zwycięstwa na swoją stronę.

Anomaly ma do zaoferowania dwa zasadnicze tryby rozgrywki. W centrum zainteresowania znajduje się oczywiście pełnoprawna kampania, której kolejne misje powiązane są wątkiem fabularnym. Oprócz tego można przystępować do różnorakich wyzwań, skupiając się już wyłącznie na walkach z kolejnymi falami wrogich maszyn. Zmagania obserwowane są z lotu ptaka – mimo to produkcja może pochwalić się bardzo ładną, trójwymiarową grafiką.