Nazywasz się Michael Thorton, jesteś początkującym agentem CIA. Po nieudanej akcji zostałeś zdradzony i skreślony przez twoich zwierzchników, na dodatek ściga cię rząd USA.

Aby rozwikłać wymierzoną przeciwko tobie intrygę, musisz uruchomić Alpha Protocol, który umożliwi Ci działanie w całkowitej konspiracji, poza czyjąkolwiek kontrolą.

Każda kolejna misja to szansa na rozwinięcie nowych umiejętności i cech. Zależnie od odpowiadającego Ci stylu działania, możesz osiągać swoje cele z całym impetem przy użyciu bardzo rozbudowanego arsenału broni i ładunków wybuchowych, walczyć wręcz korzystając ze stylu Kempo lub unikać konfrontacji przemykając się pomiędzy wrogami niczym duch.

Pamiętaj, to jak potoczą się dalsze wydarzenia jest całkowicie zależne od twoich decyzji i poczynań.