Alpha Protocol jest szpiegowskim thrillerem akcji z zaawansowanym systemem role-playing, w którym akcję obserwujemy z perspektywy trzeciej osoby. Wcielamy się w wyszkolonego przez najlepszych specjalistów CIA agenta Michaela Thortona.
Tytułowy Protokół Alfa wchodzi w życie wraz z koniecznością przejścia rządowego agenta wysokiego stopnia do pełnej konspiracji. A Thorton jest jedyną osobą mogącą przeciwdziałać nadciągającej międzynarodowej katastrofie. Niestety ludzie, którym dotychczas wiernie służył nie mogą stanowić żadnego oparcia. Porzucony, aby zapobiec najgorszemu musi całkowicie odciąć się od dotychczasowego życia i porzucić tych, których przysięgał chronić.
Obsidian Entertainment, firma która na swoim koncie ma chociażby drugą część Knights of the Old Republic tym razem postanowiła zaprezentować znacznie głębszy i bardziej rozbudowany system questów. W Alpha Protocol położono duży nacisk na skutki podejmowanych przez gracza decyzji, które mają niebagatelny wpływ na postawę tajnego agenta. Każdy dokonany wybór w przyszłości będzie miał swoje konsekwencje.
W przypadku prezentacji walki, autorzy postanowili skorzystać ze sprawdzonych wzorców. Rozgrywa się ona w czasie rzeczywistym, z możliwością włączenia aktywnej pauzy – podobnie jak w Mass Effect. Michael Thorton wyposażony został w najnowocześniejszą broń i gadżety ułatwiające mu starcie z przeciwnikami. W ich trakcie możemy wykorzystywać również osłony terenowe.
Bardzo dużą rolę w grze pełnią przeprowadzane konwersacje z postaciami sterowanymi przez Sztuczną Inteligencję. Są one długie i rozbudowane, a więc dokładnie takie, jakich po dobrym erpegu można oczekiwać. Również i w tym przypadku autorzy podążają wytartym przez poprzedników szlakiem. Zapytane osoby możemy na przykład pochwalić lub przestraszyć – w zależności od naszych preferencji. Co ciekawe, z każdą napotkaną postacią na dany temat można porozmawiać tylko jeden raz, co pozwala uniknąć nudnego zapętlenia w kółko jednej odpowiedzi.
