Alpha Protocol jest toczącym się w niedalekiej przyszłości szpiegowskim thrillerem akcji z zaawansowanym systemem role-playing. Tytuł ten jest dziełem firmy Obsidian Entertainment, a więc autorów tak znanych RPG-ów jak Star Wars: Knights of the Old Republic II - The Sith Lords czy Neverwinter Nights 2.

W trakcie zabawy wcielamy się w postać tajnego agenta Michaela Thortona, działającego pod skrzydłami tytułowej tajnej organizacji. Naszym pierwszym zadaniem jest odnalezienie sprawców rakietowego ataku na cywilny samolot, którego dopuszczono się na Bliskim Wschodzie. W miarę przebiegu śledztwa wpadamy na trop spisku zagrażającego równowadze politycznej świata, a na dodatek zmuszeni zostajemy do zerwania kontaktów z macierzystą agencją i rozpoczęcia działań na własną rękę.

W omawianej produkcji szczególny nacisk położono na zaprezentowanie znacznie głębszego i bardziej rozbudowanego systemu questów. Bardzo często stawiani jesteśmy przed trudnymi wyborami, a wszystkie podejmowane decyzje mają swoje wymierne skutki. Sama gra ma ponadto trzy różne zakończenia.