Alpha Protocol jest toczącym się w niedalekiej przyszłości szpiegowskim thrillerem akcji z zaawansowanym systemem role-playing. Wcielamy się w nim w tajnego agenta, Michaela Thortona, działającego pod skrzydłami tytułowej tajnej organizacji. W trakcie wykonywania pierwszej poważnej misji – odszukania sprawców rakietowego ataku na cywilny samolot – agent wpada na trop spisku zagrażającego równowadze politycznej świata.

Obsidian Entertainment, firma która na swoim koncie ma chociażby drugą część Knights of the Old Republic tym razem postanowiła zaprezentować znacznie głębszy i bardziej rozbudowany system questów. W Alpha Protocol położono duży nacisk na skutki podejmowanych przez gracza decyzji, które mają niebagatelny wpływ na postawę tajnego agenta. Każdy dokonany wybór w przyszłości będzie miał swoje konsekwencje.

W przypadku prezentacji akcji, autorzy postanowili skorzystać ze sprawdzonych wzorców. Rozgrywa się ona z perspektywy trzeciej osoby, a walki toczą się w czasie rzeczywistym. Podobnie jak w Mass Effect istnieje możliwość włączenia aktywnej pauzy. Michael Thorton wyposażony został w najnowocześniejszą broń i gadżety ułatwiające mu starcie z przeciwnikami. W ich trakcie możemy wykorzystywać również osłony terenowe.

Bardzo dużą rolę w grze pełnią przeprowadzane konwersacje z postaciami sterowanymi przez Sztuczną Inteligencję. Dialogi są dynamiczne, a decyzja co do dalszego ich przebiegu musi zostać podjęta w ograniczonym czasie. Komunikując się z innymi, postać bazuje na trzech głównych stylach zachowania: profesjonalnym, agresywnym i układnym (oryginalnie „suave”, czyli „gładki w obyciu”). Co ciekawe, z każdą napotkaną postacią na dany temat można porozmawiać tylko jeden raz, co pozwala uniknąć nudnego zapętlenia w kółko jednej odpowiedzi.