Akcja gry rozpoczyna się od aktu terrorystycznego na Bliskim Wschodzie, w wyniku którego zestrzelony zostaje samolot z niewinnymi cywilami na pokładzie. Wcielamy się w agenta Michaela Thortona, który po zaliczeniu dość nietypowego testu, mającego sprawdzić jego sprawność w sytuacjach kryzysowych, zostaje wytypowany do zlokalizowania i powstrzymania osób odpowiedzialnych za zaplanowanie i wykonanie ataku. Podejrzenia początkowo padają na lokalną organizację terrorystyczną Al-Samad kierowaną przez szejka Ali Shaheeda, ale w toku śledztwa wypływają nowe tropy, rzucając nieco światła między innymi na podejrzane działania korporacji o nazwie Halbech. Ogólnie rzecz biorąc, fabuła stanowi mocny punkt Alpha Protocol. Na pewno nie można narzekać na brak ciekawych zwrotów akcji. Już w początkowych godzinach rozgrywki główny bohater zmuszony jest do wprowadzenia w życie założeń tytułowego Protokołu Alfa, a więc do zerwania wszelkich kontaktów z macierzystą agencją i kontynuowania śledztwa w oparciu o międzynarodową siatkę kryjówek i kontaktów. W dalszej fazie zabawy jesteśmy świadkami kolejnych zaskakujących odkryć i nowych ataków terrorystycznych, których założeniem wydaje się być chęć zdestabilizowania sytuacji w wybranych rejonach świata. Pomimo że w tle przewija się dość oklepany motyw powstrzymania wybuchu potężnego konfliktu zbrojnego, to jednak całość skutecznie trzyma w napięciu, zachęcając do kontynuowania zabawy.