W trakcie zabawy wcielamy się w postać tajnego agenta Michaela Thortona, działającego pod skrzydłami tytułowej tajnej organizacji. Naszym pierwszym zadaniem jest odnalezienie sprawców rakietowego ataku na cywilny samolot, którego dopuszczono się na Bliskim Wschodzie. W miarę przebiegu śledztwa wpadamy na trop spisku zagrażającego równowadze politycznej świata, a na dodatek zmuszeni zostajemy do zerwania kontaktów z macierzystą agencją i rozpoczęcia działań na własną rękę.

W omawianej produkcji szczególny nacisk położono na zaprezentowanie znacznie głębszego i bardziej rozbudowanego systemu questów. Bardzo często stawiani jesteśmy przed trudnymi wyborami, a wszystkie podejmowane decyzje mają swoje wymierne skutki. Sama gra ma ponadto trzy różne zakończenia.

Istotny element stanowią rozmowy z postaciami niezależnymi, które możemy prowadzić na trzy zasadnicze sposoby, obierając profesjonalny, agresywny lub układny (oryginalnie „suave”, czyli „gładki w obyciu”) styl zachowania. Wybór stylu ma naturalnie duży wpływ na zachowanie rozmówcy, mogąc zaowocować zyskaniem nowych przyjaciół czy zerwaniem dalszych kontaktów z daną organizacją.

Michael może być reprezentantem jednej z pięciu głównych klas postaci, stając się między innymi żołnierzem czy ekspertem od nowoczesnych technologii. Producent oddał do naszej dyspozycji dziewięć kategorii umiejętności, przy czym każda kategoria składa się z piętnastu pozycji.

Umiejętności podzielono na pasywne i aktywne, czyli takie, które musimy ręcznie aktywować. Dodatkowo za różnorakie osiągnięcia otrzymujemy perki (talenty), oferujące między innymi bonusy do statystyk czy dodatkowe punkty doświadczenia. Duże znaczenie ma również wyposażenie bohatera, na które składają się pancerze, bronie i gadżety odnajdywane bezpośrednio w trakcie misji lub nabywane z poziomu kryjówek.

Zmagania Michaela obserwujemy z perspektywy trzeciej osoby, a akcja toczy się w czasie rzeczywistym. Producent zadbał o możliwość wyboru sposobu przechodzenia misji - możemy wdawać się w bezpośrednie walki, eliminować wrogów z ukrycia czy też przekradać się za ich plecami dzięki rozbrajaniu lokalnych systemów bezpieczeństwa. Zabawę urozmaicają proste mini-gry, polegające między innymi na odnajdywaniu ściśle określonych ciągów znaków.

Na naszej drodze stają zarówno podrzędni przeciwnicy, jak i znacznie silniejsi bossowie, których pokonanie jest zazwyczaj możliwe dopiero po stoczeniu dłuższej potyczki.

Główny bohater w trakcie swych przygód odwiedza między innymi Moskwę, Rzym oraz Tajpej. Na uwagę zasługuje spore zróżnicowanie dostępnych lokacji, obejmujące między innymi wille mafiozów, slumsy, hotele, luksusowe jachty, lotniska wojskowe czy kryjówki innych organizacji wywiadowczych. Zadania rozgrywają się o różnych porach dnia i nocy, co może utrudnić lub ułatwić rozgrywkę.