Akcja Age of Wonders III ponownie przenosi graczy do fantastycznego świata, w którym rozmaite rasy i ugrupowania rywalizują o dominację. Kampania główna pozwala graczom stanąć po stronie jednej z dwóch zwaśnionych frakcji – Imperium Wspólnoty lub Trybunału Wysokich Elfów, utworzonego po zjednoczeniu mrocznych i leśnych elfów. W opowieści duża rolę odgrywa kilka popularnych postaci z poprzednich odsłon cyklu, w tym Merlin.

Rozgrywka w Age of Wonders III łączy elementy strategii oraz cRPG. Gracze eksplorują sporych rozmiarów mapy, odkrywają nowe lokacje, spotykają bohaterów niezależnych i toczą emocjonujące bitwy. Równocześnie kierują rozwojem swego królestwa, w tym również dokonują przekształceń terenu i klimatu pod kątem potrzeb wybranej nacji. Twórcy zadbali o mnogość ras i kultur, którym przewodzić można w fantastycznym świecie.

Rozpoczynając rozgrywkę wybieramy reprezentującego nas przywódcę. Dostępni władcy odpowiadają typowym archetypom klas z gier roleplaying, takim jak kapłan, wojownik, czarodziej czy zwiadowca. Każdy monarcha posiada własne unikalne umiejętności oraz jednostki. Jednocześnie kampanię rozpoczyna jako postać neutralna i dopiero nasze własne decyzje oraz sposób sprawowania rządów określą, czy pozostajemy na tej pozycji, czy też skręcamy w stronę dobra lub zła.

Rozgrywka w Age of Wonders III jest agresywna i koncentruje się na wojnie. Jedynym sposobem na wygranie kampanii jest pokonanie armii przeciwników oraz podbicie ich ziem. Bitwy rozgrywane są na trójwymiarowych mapach pokrytych siatką heksów. Autorzy przygotowali rozbudowany system potyczek, który premiuje m.in. właściwe korzystanie z ukształtowania terenu, atakowanie wrogów z flanki czy stosowanie formacji. Poza standardowymi starciami na otwartym polu dostępne są również oblężenia oraz bitwy morskie.

Gra oferuje kilka wariantów rozgrywki jedno i wieloosobowej. Poza główną kampanią istnieje możliwość sprawdzenia swoich sił na pojedynczych, losowo generowanych mapach w rywalizacji z komputerową sztuczną inteligencją lub żywymi przeciwnikami. Natomiast multiplayer może być rozgrywany przez Internet, w systemie mailowym (PBEM), za pośrednictwem sieci lokalnej (LAN) oraz w trybie gorącego krzesła (Hotseat).

W przeciwieństwie do wcześniejszych odsłon serii, w Age of Wonders III deweloperzy zdecydowali się na zastosowanie silnika generującego trójwymiarowe środowisko graficzne. Pozwoliło to dostosować jakość oprawy wizualnej do współczesnych standardów w tego typu produkcjach.