Grupa powstała na początku lat 90tych w Kalifornii. Zespół założyło trzech kolegów ze szkoły: Dave Havok (śpiew), Mark Stopholese (gitara) i Vic Charker (bas). Gdy poszczególni członkowie zaczęli studiować na różnych uczelniach, kariera zespołu zawisła na włosku. Oficjalnie grupa przestała nawet istnieć. Jednak po reaktywacji AFI w celu zagrania jednego koncertu, muzycy zgodnie rzucili uczelnie i w pełni skoncentrowali się na wspólnym graniu.

Zespół ma na swoim koncie osiem albumów studyjnych. Debiutowali płytą Answer That and Stay Fashionable w 1995 roku. W przeciągu kolejnych dwóch lat wydali dwa kolejne krążki: Very Proud of Ya oraz Shut Yor Mouth and Open Your Eyes. W tym okresie styl zespołu określano jako hardcore punk.

Na kolejnych albumach AFI zaczęło przedstawiać mroczniejsze oblicze. Zespół zaczął wkraczać na scenę death-rockową i goth-rockową, a muzykę AFI sklasyfikowano jako horror-punk lub gothic-punk. W tym czasie po raz pierwszy płyta AFI pojawiła się na prestiżowej liście Billboard 200 (piąty album studyjny - The Art Of Drowning - osiągnął 172 miejsce w notowaniu).

Kolejne płyty przyniosły wielki sukces komercyjny. Wydany w 2003 Sing the Sorrow uplasował się na 5 miejscu notowania Billboard 200 i sprzedał się w ponad milionowym nakładzie. Promujące go single Girl's Not Gray oraz The Leaving Song, Pt. II pojawiły się w zestawieniu 20 Hot modern Rock Tracks (a klip do Girl's Not Gray otrzymał nagrodę MTV Video Music Awards za najlepszy teledysk rockowy). Kolejny krążek - Decemberunderground - również odniósł wielki sukces, a promujący go Love Like Winter przez długi czas okupował zestawienia najlepszych utworów rockowych, nie tylko w Stanach Zjednoczonych.