Fabuła Spider-Man: Edge of Time opiera się na podróżach w czasie i konsekwencjach z nich wynikających. Zły naukowiec z przyszłości postanawia przenieść się w czasie żeby zlikwidować Petera Parkera. Jego odpowiednik z przyszłości, Miguel O’Hara znany jako Spider-Man 2099 wplątuje się w ratowanie Petera poniekąd z przypadku a poniekąd z konieczności. Gdyby pierwotny Spider-Man zginął, świat Miguela też mógłby przestać istnieć. Losy obu bohaterów – którzy za sobą nie przepadają – są więc bardzo mocno związane. Autorem scenariusza gry jest Peter David, współtwórca komiksowej serii Spider-Man 2099. Korzystając z jego rad deweloperzy z Beenox starali się zachować możliwie dużą zgodność z oboma uniwersami, jednocześnie ukazując ich różnorodność. Akcja Edge of Time rozgrywa się na terenie budynku wielkości małego miasta należącego do korporacji Alchemax, dla której pracował Miguel. Rozgrywka w Spider-Man: Edge of Time ma widowiskowy, dynamiczny charakter i bazuje na wielu elementach znanych z wcześniejszej odsłony serii – Shattered Dimensions. Nie brakuje jednak nowych rozwiązań, a jednym z najciekawszych jest system „przyczyny i skutku” (cause-and-effect). Dzięki niemu gracze mogą zaobserwować natychmiastowe i czasami bardzo zaskakujące konsekwencje działań jednego człowieka-pająka w świecie drugiego. Niejednokrotnie ponadczasowa współpraca jest niezbędna, żeby popchnąć akcję do przodu