Opowieść rozpoczyna się dziesięć lat po wydarzeniach z pierwszej części. Bezimiennego przez ten czas los nie oszczędzał i nasz bohater coraz chętniej zagląda do butelki. Pewnego dnia odnajduje go znana z pierwowzoru Patty, czyli córka legendarnego pirata Stalowobrodego. Trafiła ona na trop artefaktu, który może posłużyć jako broń przeciwko poczynającym sobie coraz odważniej tytanom, i potrzebuje pomocy w jego odszukaniu. Nadarza się ku temu dobra okazja, gdyż wkrótce potem Bezimienny dostaje od Inkwizycji zadanie zinfiltrowania pirackiej frakcji na wyspie Puerto Sacarico. Lokalna kolonia zajmuje się uprawą trzciny cukrowej – dostawy stamtąd były w ostatnich miesiącach wyraźnie mniejsze niż poprzednio. Od tego prostego śledztwa zaczyna się wielka przygoda, w której spróbujemy uratować świat przed dominacją tytanów.

Risen 2: Dark Waters to podobnie jak część pierwsza RPG czystej krwi. Zabawa polega więc na przemierzaniu rozległych wysp, prowadzeniu rozmów, wykonywaniu zlecanych zadań, mordowaniu potworów i gromadzeniu skarbów. Wraz z postępami w kampanii nasz bohater nabiera doświadczenia i rozwija swoje umiejętności. W porównaniu z pierwowzorem znacząco ulepszono system walki. W trakcie starć możemy korzystać zarówno z normalnych ciosów, jak i z potężnych uderzeń specjalnych oraz wyprowadzać kontry i łączyć to wszystko w kombosy. Możliwe są nawet ciosy wręcz. Przykładowo, odbijamy mieczem ostrze wroga, po czym przywalamy mu pięścią w twarz. Dodatkowego smaczku dodaje broń palna oraz pirackie zagrywki jak np. użycie papugi w celu rozpraszania wrogów.

Zwiększono też dynamikę wirtualnego świata, który teraz lepiej reaguje na nasze poczynania. Bieganie z wyciągniętą bronią nie jest już tolerowane, choć jednocześnie możemy to wykorzystać do zastraszania postaci niezależnych. Nie wolno nam już też pałętać się po cudzych pokojach, a do biur oficjeli nie wpuszczą nas w samych majtkach. W grze otrzymujemy własny statek, ale nie możemy nim samodzielnie pokierować. Mimo to istotną częścią zabawy jest kompletowanie własnej załogi. Na naszym pokładzie znajdziemy centrum dowodzenia i postacie niezależne, spośród których wybierzemy towarzyszy na czas misji.

Risen 2: Dark Waters może pochwalić się piękną oprawą graficzną, która stanowi olbrzymi postęp w porównaniu z pierwszą częścią. Świat gry prezentuje się wybornie. Tekstury są ostre, roślinność gęsta, a wnętrza pokojów pełne małych, cieszących oko detali, takich jak zwoje, kubki czy liczydła na stołach. Zwiększono też wyraźnie poziom szczegółowości postaci i poprawiono ich animację.