Tym razem główny bohater musi powstrzymać pewnego szaleńca, który planuje zagrozić światu bronią biologiczną. W przeciwieństwie do pierwszej części, w której kampania singleplayer koncentrowała się raczej na niewielkich, zamkniętych pomieszczeniach tym razem przeważają misje rozgrywane pod gołym niebem.Sam Fisher w dalszym ciągu powinien przez znaczną część gry pozostawać w ukryciu. Musi przy tym uważać na okolicznych strażników, różnorakie systemy bezpieczeństwa (kamery, lasery, stacjonarne działka itp.) czy też wyjątkowo dobrze ukryte pułapki (miny, linki podczepione do granatów itp.). Z pomocą przychodzi cała masa nowoczesnych gadżetów. Sam może przede wszystkim korzystać z gogli, które przez cały czas ma na głowie. Nie mniej przydatne są takie obiekty jak chociażby linka z podczepioną kamerą, dzięki której można badać co znajduje się po drugiej stronie drzwi czy też mikrofon umożliwiający podsłuchiwanie rozmów na odległość. Fisher korzysta głównie z wyciszonych broni. Karabin SC20K umożliwia wystrzeliwanie wielu typów pocisków.