Demokratyczny rząd państwa Isla Trueno upada. Kontrolę przejmuje rosnąca w siłę, agresywnie nastawiona junta (władza wojskowa), w związku z czym sytuacja robi się niebezpieczna. Zauważają to władze państwowe krajów Zachodu, które decydują się na wysłanie w miejsce konfliktu specjalnego oddziału żołnierzy, mającego pomóc rebeliantom w przywróceniu do władzy członków obalonego rządu.

W Sniper: Ghost Warrior gracz wciela się w rolę zaprawionego w bojach snajpera i uczestniczy w szeregu misji skonstruowanych tak, aby zaprezentować wszystkie możliwości głównego bohatera historii. W wielu przypadkach rozgrywka polega na wspieraniu ogniowym atakującym z bliska rebeliantom. Ponadto w grze bierzemy udział w zadaniach typu stealth, infiltrujemy szeregi wroga, a także uczestniczymy w misjach polegających na prowadzeniu otwartej walki.

Niezwykle istotnym jest fakt, że sposób dotarcia do wyznaczonego celu, a także realizacji poszczególnych zadań składających się na daną misję zależy w pełni od wyborów gracza – dzieło City Interactive jest pod tym względem produkcją w pełni nieliniową. Po części warunkują to projekty poziomów, których akcja bardzo często ma miejsce na sporym obszarze Isla Trueno.

Twórcy duży nacisk położyli na jak najlepsze odwzorowanie warunków „pracy” snajpera. Biorąc udział w walkach gracz musi zatem zwracać baczną uwagę m.in. na siłę i kierunek wiatru, a także ukształtowanie terenu czy jego pokrycie roślinnością.