Sporo zmian przypadło w udziale silnikowi fizycznemu o nazwie Player Impact Engine, zaimplementowanemu po raz pierwszy w FIFA 12. Twórcy znacznie usprawnili grę obrońców na małej przestrzeni i poprawili pracę rąk podczas boiskowych przepychanek, dzięki czemu udało się wyeliminować graficzne przekłamania z tym związane. Spore zmiany zaszły również w zakresie kontroli nad piłką – tym razem położono znacznie większy nacisk na przyjęcie futbolówki. Na ten proces od teraz ma wpływ wiele nowych czynników, m. in. napór obrońców, warunki atmosferyczne czy umiejętności techniczne zawodnika. Dodatkowo, autorzy wprowadzili szereg nowych zagrań pozwalających na rozegranie akcji „z pierwszej piłki”.

Moduł Attacking Intelligence przynosi spore zmiany w grze ofensywnej. Większy nacisk został położony na wykorzystanie wolnego pola (zwłaszcza skrzydeł boiska), dzięki czemu zwiększyła się liczba dostępnych wariantów rozegrania akcji. Ponadto ulepszono zachowanie piłkarzy biorących bierny udział w akcji – zawodnicy formacji ofensywnych znacznie częściej skupiają na sobie uwagę obrońców, pozwalając graczowi na szybkie wypracowanie sytuacji strzeleckiej. Kosmetyczne zmiany dotknęły również drybling – w FIFA 13 zawodnicy szybciej zmieniają kierunek biegu podczas sprintu, a uwolnienie się spod opieki obrońców znajdujących się za plecami kontrolowanego zawodnika stało się łatwiejsze.

Nowa FIFA to również moduł Tactical Free Kicks, otwierający nowe możliwości w kwestii rozgrywania rzutów wolnych - przy piłce pojawia się trzeci zawodnik, co pozwala, z wykorzystaniem funkcji markowania strzałów i zwodów przed uderzeniem, zmylić defensywę przeciwnika. Wprowadzone zmiany pozwalają również na dodatkowe ograniczanie wariantów rozegrania stałych fragmentów gry przez przeciwnika – w dowolnym momencie możemy zmienić ilość zawodników znajdujących się w murze, zmniejszać jego odległość w stosunku do punktu rozegrania rzutu wolnego, a także wybiegać z niego pojedynczymi zawodnikami. Ponadto w FIFA 13 obrońcy biorą aktywny udział w wybijaniu piłki zmierzającej do pustej bramki.

W FIFA 13 znajdziemy zupełnie nowy tryb rozgrywki – Skill Games – w którym gracze mogą przetestować swoje umiejętności w kilkudziesięciu różnorodnych wyzwaniach sprawdzających precyzję i celność naszych zagrań. Za jego pomocą potrenujemy m.in. wykonywanie dośrodkowań, strzałów z rzutu wolnego czy krosowych podań w poprzek boiska.

Autorzy postarali się także o spore zmiany w strukturze trybu kariery. Po raz pierwszy w historii serii mamy możliwość poprowadzenia wybranej reprezentacji narodowej, zaś posadę selekcjonera kadry łączymy z obowiązkami trenera klubowego. Twórcy postarali się także o zaktualizowanie rynkowych cen zawodników w panelu transferowym – dodatkowo istnieje możliwość oddania jednego z graczy w rozliczeniu za piłkarza, którego chcemy pozyskać. Znacznie rozbudowano także system powiadomień, który pozwala prześledzić najważniejsze informacje z całego świata wirtualnego futbolu, jak również umożliwia wejście w szerszą interakcję ze swoimi podopiecznymi.