Kontynuacja kultowej serii Mortal Kombat zawiera w sobie postacie, które znamy już z pierwszych części, będące ikonami bijatyk świata wirtualnego, a także telewizyjnego – jak choćby Scorpiona czy Sub-Zero, oraz najważniejszych bohaterów pop-kultury komiksowej: Batmana, Supermana oraz innych herosów z historii obrazkowych, wydanych przez DC Comics. To właśnie pojedynek pomiędzy tymi dwoma różnorodnymi uniwersami jest motywem przewodnim, który towarzyszy rozgrywce. Fabułą zajęli się znani scenarzyści komiksowi - Jimmy Palmiotti i Justin Gray.

Mortal Kombat vs. DC Universe, oprócz poszerzenia liczby bohaterów o postacie komiksowe, oferuje graczom nowy sposób przedstawiania pojedynków. Znane z poprzednich części areny zostały połączone w ciąg, dzięki któremu uczestnicy walki mogą się przemieszczać pomiędzy kolejnymi lokacjami. Producenci postanowili także zaimplementować charakterystyczne dla serii, brutalne sposoby kończenia pojedynków: fatality i brutality.

Trójwymiarowa grafika Mortal Kombat vs. DC Universe oparta jest na silniku Unreal Engine 3. Postacie oraz elementy środowiska zostały przez twórców pieczołowicie oddane. Zaawansowana technologia, wykorzystywana przez engine, pozwoliła także stworzyć bardzo interaktywny świat wirtualny, dzięki czemu w grze, podczas potyczki, nasze postacie często burzą mury i inne elementy otoczenia. Oprócz tego, realizm podwyższają przetarte, poszarpane w ferworze walki ubrania naszych bohaterów.