Historia pierwszoplanowej postaci zaczyna się zgoła niepozornie. Pewnego dnia Nina Kalenkow, urokliwa pani mechanik, Rosjanka żyjąca na stałe w Niemczech, chcąc się spotkać z ojcem, przyjeżdża do muzeum, w którym tenże pracuje. Wchodzi do jego gabinetu, ale zamiast ojca zastaje w nim chaos – wszędzie porozrzucane przedmioty, dokumenty walające się po podłodze. Zaniepokojona dziewczyna zaczyna zastanawiać się, co się stało i gdzie jest jej ojciec, zaczyna go szukać. I tak rozpoczyna się cała przygoda, a Nina nie jest jedyną postacią, jaką możemy sterować podczas rozgrywki. Drugim grywalnym bohaterem jest Max Gruber, kolega Wladimira Kalenkowa z pracy, który w pewnym momencie postanawia pomóc rudowłosej Rosjance w poszukiwaniach. Nina i Max razem wyruszają w niebezpieczną drogę, jeszcze nieświadomi licznych przygód i tajemnic, z którymi przyjdzie im się zetknąć na drugim krańcu świata.

Od strony technicznej Secret Files: Tunguska prezentuje się całkiem okazale. Graficznie gra jest symbiozą dwuwymiarowych, renderowanych i scrollowanych teł z trójwymiarowymi postaciami, stworzonymi z wykorzystaniem technologii Motion Capture. Graczom przyjdzie zwiedzić 110 animowanych plenerów i porozmawiać z 25 różnymi osobami, a przy okazji ujrzeć cieszące oko efekty cieniowania i gry świateł, generowane w czasie rzeczywistym i nagminnie występujące na wszystkich trójwymiarowych modelach zawartych w tym tytule. Autorzy dołożyli wszelkich starań, by wiernie odwzorować rożne warunki i anomalie pogodowe, dlatego też Nina i Max będą mieli okazję zmoknąć na deszczu lub zmarznąć w czasie opadów śniegu. W końcu Syberia należy do najbardziej nieprzyjemnych i nieprzystępnych krain na Ziemi. Każdego napotkanego na drodze człowieka z pewnością przywitają z radością, mogą w końcu liczyć na uzyskanie cennych informacji. Z czasem jednak ograniczą zaufanie do spotykanych osób – na swej drodze natkną się zarówno na poczciwych przyjaciół, jak i ukrytych wrogów.