Tym razem Ratchet podejrzewany jest o przestępstwa, których nie popełnił. Wszystkie dowody wskazują jednak na niego, więc długouchy bohater ma duże kłopoty. Clank postanawia ratować swojego przyjaciela i dowiedzieć się, kto tak naprawdę jest za całą sprawę odpowiedzialny.

W Secret Agent Clank nasz robocik, przez większą cześć gry będzie musiał pozostać niezauważonym, co zmienia bardzo system rozgrywki, do którego przywykliśmy grając w poprzednie części serii Ratchet and Clank. Kończymy z wszechobecną walką, a uczmy się dyskrecji. Mimo to, nasz "Tajny Agent" musi czasem wyprowadzić kombinację ciosów by obronić się przed przeciwnikami. Ponadto w miarę zaliczania kolejnych poziomów, odblokowują się dla niego nowe ruchy oraz umiejętności. Dla przykładu zebranie specjalnych butów pozwala nam wykonywać podwójny skok oraz atakować przeciwników z wysokości.

Oprócz standardowych etapów, w których należy przebrnąć od początku do końca poziomu i rozprawić się z kolejnymi napotykanymi wrogimi istotami, czasem trafiają się także zadania typu: Quick Time Event. Co ciekawe, ponownie zmienia to model rozgrywki – należy wciskać przyciski w odpowiednim czasie, co owocuje różnymi akcjami podejmowanymi przez Clanka. Przypomina to trochę niektóre gry muzyczne i na pewno stanowi miły przerywnik od kolejnych, podobnych do siebie misji. Warto dodać, że tytułowy robot nie jest jedyną dostępną dla gracza postacią w produkcji High Impact Games. Możemy wcielić się także w bohaterów znanych z poprzednich części serii, więźnia Ratcheta oraz kapitana Quarka, który pomoże nam podczas wybranych walk z bossami.