W kontynuacji ponownie wcielimy się w nieustraszonego Olimara, któremu tym razem przydzielono pomocnika – niezmordowanego Louie’go. A musicie wiedzieć, że tym razem pomoc będzie nieodzowna. Dlaczego? Olimar musi skompletować pewną okrągłą sumkę, która pomoże mu wyjść z kłopotów, w które się wplatał.

Pieniądze będzie mógł zdobyć poprzez znajdywanie i sprzedawanie różnych przedmiotów, które można znaleźć na planecie zamieszkałej przez Pikminy. Wprowadzenie drugiego bohatera umożliwiło również zastosowanie trybu multiplayer dla dwóch osób, które będą mogły współpracować na podzielonym ekranie. Kolejna nowością, która zosta zaimplementowana w Pikmin 2 są dwa, zupełnie nowe rodzaje wesołych stworków, którymi przyjdzie nam dowodzić – purple i white. Fioletowe potworki są istnymi maszynkami do zabijania, a dokładnie wojowniczymi wrestlerami wykorzystującymi sobie tylko znane chwyty do obalenia każdego wroga, który stanie im na drodze. Natomiast białe „kwiatuszki” są bardzo wątłe, podatne na wszelkie ataki ze strony przeciwników, lecz posiadają jedną zabójczą wręcz cechę – potrafią „wstrzyknąć” wrogowi truciznę! W grze zostały zastosowane losowo generowane dungeony, które wprowadzają więcej taktycznej myśli do samej gry. Wygląda to tak, ze podczas przeskakiwania z jednej postaci na druga możemy objąć kontrolę nad dwoma armiami Pikminów, a do dungeonów będziemy w stanie wprowadzić ograniczona liczbę naszych podopiecznych. Których wybierzemy? Którzy z nich przydadzą się w większym stopniu? Trzeba będzie nad tym troszeczkę pomyśleć.