Football Manager 2006 to najnowsza odsłona managera piłkarskiego rodem z zespołu Sports Interactive, czyli de facto kolejna wersja rozwojowa legendarnego Championship Managera (po rozstaniu SI z Eidosem ten drugi zatrzymał prawa do nazwy, pierwszy zaś cały engine gry). Tytuł ten wnosi kilka zmian na lepsze względem ostatniej części cyklu. Pierwszą nowością jest opcja negocjacji kontraktów menedżerskich. Teraz uzgadniamy z pracodawcami warunki umów i możemy żądać nieziemskich tygodniówek czy wieloletnich kadencji. Jeśli za bardzo naciskamy w pertraktacjach, prezes mówi nam „nie” i szukamy kolejnych ofert na rynku pracy. Nic nie stoi też na przeszkodzie by przekonać zarząd do przydzielenia nam dodatkowych funduszy na gaże dla graczy lub transfery czy do rozbudowy stadionu.

Drugą rzeczą jest usprawniona interakcja z piłkarzami. Mamy dużo większy wpływ na morale zespołu, a to między innymi dzięki wprowadzeniu rozmów w przerwach meczowych, w czasie których możemy podnieść na duchu (bądź zdołować) swoich podopiecznych. Do tego istnieje możliwość indywidualnej rozmowy z każdym z zawodników.

Prawdziwych entuzjastów piłki nożnej powinien ucieszyć nowy system treningowy - rozbudowany, a jednocześnie łatwiejszy w obsłudze od tego z Football Managera 2005. Trenerzy pełnią w nim ważniejszą rolę przejmując część obowiązków szkoleniowych na własne barki. Poza tym łatwo docieramy do informacji, na jakiej pozycji dany gracz najbardziej lubi występować, na jakich może ewentualnie zagrać czy jakie są jego boiskowe upodobania (strzały z odległości, częste dryblingi, etc.). Wprowadzono także profile sędziów, w których sprawdzamy, jak ostry jest wybrany arbiter, ile dał żółtych kartek w sezonie, a ile czerwonych, itd. Poszerzono rolę mediów, które informują teraz o losowaniach par pucharowych czy najlepszych zawodnikach poszczególnych meczów.